هزینه های گمرکی وجوهی هستند که جهت بعضی از خدمات گمرکی مثل تخلیه، بارگیری یا باربری، صفافی یا بارچینی، انبارداری، آزمایشگاه، کارشناسی کالا، بدرقه مطابق نرخی که به موجب هیات وزیران برای هر یک از موارد مذکور تعیین و به گمرک ابلاغ می شوند. ممکن است سازمان یا اشخاصی که بعضی از این امور را (به استثنا تعرفه بندی، خدمات بدرقه که منحصراً باید توسط گمرک انجام شود) به عهده می گیرند، دولتی یا وابسته به دولت نباشند. به عبارت دیگر ممکن است این خدمات به بخش خصوصی واگذار یا به مشارکت یک سازمان دولتی انجام شود. این امور چون درباره ترخیص کالا و اظهارنامه های گمرکی است. صرف نظر از اینکه چه شخصی اعم از دولتی یا خصوصی عهده دار انجام این خدمات باشد، هزینه های گمرکی خوانده می شوند.